В архивных записях указано: «План и фасад каменной часовни, построенной на отведённом кладбище при городе Воскресенске, рассмотренный и одобренный в общем присутствии Московской Губернской строительной комиссии, 21 сентября 1853 года и утверждённый Епархиальным начальством 1854 г. января 12 д.№ 31». Именно на основании этой записи в 2006 г. Никольская церковь городского округа Истра была признана Министерством культуры РФ вновь найденным памятником архитектуры.В 1930-х годах в помещении храма находилась лаборатория для контроля качества воды.Спустя несколько лет, после окончания Великой Отечественной войны, с марта 1953 г. здание храма использовалось под морг.В 1992 г. постепенно началась работа по передаче здания храма Русской Православной Церкви.

В конце марта 2006 г. храм был признан вновь найденным памятником архитектуры и в 2011 г. передан в безвозмездное временное пользование РПЦ. 22 октября 2011 г. прошла первая за 80 лет Божественная литургия, которую совершил благочинный церквей Истринского округа протоиерей Димитрий Подорванов, в сослужении настоятеля храма протоиерея Алексия Бондарева и настоятелей еще двух городских храмов — Вознесенского и Мироносицкого. В настоящее время двери храма открыты для паломников и жителей округа.